手术器械的清洗方法主要有两种：手工清洗和机械自动清洗法。
1.手工清洗
1、人工清洗的器械主要包括：精细、精密、尖锐的器械，不能浸泡于水中的器械（如电刀），不能耐高温（93℃）的器械，以及有严重污染生锈或残留血迹、分泌物，用机器无法洗净的器械。手工清洗是通过物理的方法，在流水及与器械污染相匹配的洗涤剂中，用毛刷或洁布去除粘附在器械上的污物，以达到清洁的目的。
2、采用传统清洗、清洗加多酶浸泡、全自动清洗机清洗三种方法观察手术后器械清洗效果的比较，清洗加多酶组的清洁效果优于其它组，结果证明全自动洗涤机并非是能彻底清洗干净的洗涤设备。
3、多种清洗方法对医疗器械洗涤效果的观察，发现对表面光滑的器械可采用人工清洗，达到既保证质量，又节约洗涤成本和提高工作效率的目的。对结构复杂的器械能拆开的部件必须拆开仔细地刷洗，而管道、缝隙、粗燥的表面、关节等处应选择不同类型和大小的刷子先手工初步刷洗，去除大的污物后，再用清洗机清洗以确保清洗效果。
4、通过对污染器械洗涤方法的观察后，认为在手工清洗器械过程中，强调应注意不可用铁丝球刷洗器械，以免器材表面留下刷痕，使脏物或水在痕迹处存积而造成腐蚀和污斑，同时亦会将器材表面保护膜刷走，加速器械生锈。
2.机械自动清洗
采用全自动清洗消毒器、通过预设程序进行清洗消毒，包括预洗、高压水流冲洗、添加清洁剂或酶温水漂洗/热水漂洗、蒸汽消毒、干燥冷却等步骤，可达到高水平消毒效果。
1、机械清洗可分为全自动、半自动、超声清洗机、长龙式等多种形式，有的清洗机带加热系统和干燥系统。目前国内部分医院采用机械清洗，全自动喷淋式清洗消毒机清洗手术器械前使用多酶液浸泡器械的方法，可使同一部器械表面、轴节、咬合面的清洗质量明显提高。
2、超声波自动清洗机的洗净作用是极高频率水的挤压产生水泡形成真空区而产生拉力，将附在器械上的污垢松动吸离，它比人工清洗好的理由是它可以清除刷子无法触及的污物。
3、通过观察，发现单纯的机械清洗对残存有有机物的器械达不到理想的清洗效果，而使用多酶液浸泡手工刷洗再清洗机清洗的效果更好。
